Что такое процесс стыковки?

Молекулярный докинг - это исследование того, как две или более молекулярные структуры (например, лекарство и фермент или белок) подходят друг другу [50]. В простом определении стыковка - это метод молекулярного моделирования, который используется для прогнозирования того, как белок (фермент) взаимодействует с небольшими молекулами (лигандами).

Какая программа стыковки?

Методология молекулярного докинга исследует поведение малых молекул в сайте связывания целевого белка. ... Программы молекулярной стыковки выполняют алгоритм поиска в котором конформация лиганда оценивается рекурсивно до тех пор, пока не будет достигнута сходимость к минимуму энергии.

Что такое стыковка открытия лекарств?

Молекулярный докинг - одна из наиболее применяемые методы виртуального скрининга, особенно когда доступна трехмерная структура целевого белка. Этот метод может предсказывать как аффинность связывания между лигандом и белком, так и структуру комплекса белок-лиганд, что является полезной информацией для оптимизации результатов.

Как рассчитывается стыковка?

Оценка стыковки - это результат вычислений, который специфичен для конкретной программы и энергетической функции, и это в идеальном случае позволяет вам предсказать свободную энергию связывания и сродство связывания или, по крайней мере, ранжировать различные комплексы в соответствии с этими параметрами.

Каковы два этапа стыковки белков?

Учитывая экспериментально определенную структуру белка, на первом этапе генерируется большое количество возможных конформаций лиганда с использованием алгоритма быстрой стыковки FlexX. На втором этапе эти конформации минимизируются и меняются ранжирование с использованием метода, основанного на классическом силовом поле.

Что такое стыковочные сайты?

Было обнаружено, что субстратная специфичность протеинкиназ во многих случаях определяется, по крайней мере частично, короткими участками внутри субстрата, известными как сайты стыковки. Сайты стыковки специфический и модульный, и может резко повысить эффективность фосфорилирования.

Какая оценка стыковки хорошая?

Понятно, что RMSD <2,0 Å соответствует хорошим стыковочным решениям. С другой стороны, стыковочные решения со среднеквадратичным отклонением от 2,0 до 3,0 Å отклоняются от положения эталона, но сохраняют желаемую ориентацию.

Золотая стыковка бесплатна?

Лицензиаты Academic CSD и GOLD получают Бесплатный доступ ко всему программному обеспечению CCDC. ... Академические пользователи, имеющие годовую лицензию на программное обеспечение стыковки GOLD или лицензию CSD System, будь то на уровне исследователя, группы или кампуса, могут выбрать загрузку всех или выбранных компонентов пакета в соответствии со своими исследовательскими требованиями.

Как использовать стыковку AutoDock Vina?

Подготовка файлов .pdbqt

1. Откройте AutoDock Vina, нажмите «Файл» -> нажмите «Прочитать молекулу» -> выберите белок. ...
2. Мы удалим молекулы воды из белка, поскольку они могут образовывать ненужные связи с лигандом. ...
3. Мы добавим полярные атомы водорода, чтобы в белке не осталось пустых групп / атомов. ...
4. Мы сохраним этот файл как.

Какое главное ограничение стыковки?

Ограничения

Основное ограничение молекулярного докинга: из-за отсутствия уверенности в способности скоринговых функций давать точные энергии связи.

Насколько надежен молекулярный док?

Несмотря на свои неоспоримые достоинства, методы стыковки ненадежны для предсказания энергии связи из-за простых функций подсчета очков, которые они используют. Однако сравнения между двумя или тремя комплексами с использованием предсказанных энергий связи в качестве критерия обычно можно найти в литературе.

Интересные материалы:

Как заблокировать папку в Android без приложения?
Как заблокировать приложения из семейной ссылки?
Как заблокировать рекламу в приложениях?
Как заблокировать учетную запись Gmail в приложении?
Как заблокировать в приложении Twitch?
Как заблокировать все приложения на Android?
Как заблокировать загрузку приложения?
Как загружать приложения из Family Link?
Как загружать приложения на Nokia Lumia 1020?
Как загружать приложения на Nokia Lumia 925?